塞爾達傳說：時之笛/版本
在提到時之笛的不同版本時，需要明確具體。按照已有的塞爾達傳統，在任天堂64上預訂的時之笛遊戲卡帶為“金色”卡帶。此外，遊戲的盒子是用堅固的塑膠而不是紙板製成的，並印有“收藏版”字樣。金色卡帶是時之笛在美國的首批發行版本，並且數量有限，因此成為收藏品。
這款遊戲也以不同的軟體版本發行。所有於 1998 年 11 月發行的金色卡帶遊戲都是 1.0 版，而之後不久釋出的一些灰色卡帶也是 1.0 版。1.1 版的灰色卡帶於 1999 年初開始釋出，其中任天堂修復了第一個版本中的許多錯誤和漏洞。之後又推出了 1.2 版。
1.0 版與後續版本之間最顯著的差異在於，在 1.0 版中，如果玩家在最終與加農的對戰中存檔並重置遊戲，他們就能在沒有林克的劍的情況下玩遊戲，這樣他們就能使用任何物品攻擊伊波娜。1.1 版與 1.0 版類似，但上述漏洞已修復（然而，有一種不同的已知方法適用於所有版本，包括 GameCube 版本）。在 1.0 版和 1.1 版中，加農在遊戲結束時的血液顏色為紅色，但在 1.2 版中改為綠色。此外，在 1.2 版中，火神廟的原始主題（類似於伊斯蘭祈禱的吟唱）在 1.2 版中被新的主題所取代。GameCube 版本與 1.2 版類似，但有一些不同之處，包括按鈕圖示更改為 GameCube 顏色。
在 2002 年，時之笛作為任天堂 GameCube 上預購塞爾達傳說：風之杖的獎勵光碟重新發行。獎勵光碟還包括時之笛大師版，這是一個之前未發行的時之笛版本，擁有重新設計的地下城，據說難度更大。同年晚些時候，它再次重新發行（沒有大師版附加內容），作為塞爾達傳說：收藏版的一部分，作為限時促銷活動。這張光碟還包括塞爾達傳說：穆修拉的假面、塞爾達傳說和塞爾達傳說2：林克的冒險。在所有 GameCube 重新發行的版本中，任天堂將格魯多的新月形和星形符號更改為原創設計。
在 2011 年，這款遊戲以塞爾達傳說：時之笛3D的形式在任天堂 3DS 上重新發行。它擁有更新的圖形、重新設計的庫存、BOSS 挑戰模式和提示電影。它還包括大師版，在通關遊戲後解鎖。內建在 3DS 中的陀螺儀感測器可以用來瞄準一些物品。痛苦之石被痛苦碎片取代，當靠近秘密時，碎片會發出叮噹聲並在螢幕左上角顯示一個圖示。此外，在 3DS 版本中，還有一些希卡之石可以幫助玩家通關遊戲。
在 2015 年，時之笛在任天堂 eShop 上為 Wii U 重新發行。這是時之笛 1.2 版的直接移植，任何變化都只是由於模擬的精度問題。
- N64 版本（帶有塞爾達傳說：穆修拉的假面）的外觀使用了常規的按鈕設定，並配備了震動包。
- 帶有大師版的 GC 版本（以及穆修拉的假面）擁有不同的顏色設定和震動功能。特別是大師版（在 GameCube 和 3DS 版本的遊戲中可用）擁有重新設計的地下城，適合那些覺得原版遊戲過於簡單或熟悉的老玩家。
- Wii 版本（帶有穆修拉的假面）擁有 N64 的按鈕設定，玩家可以使用經典和 GameCube 控制器，無需使用或配置震動包。
- 3DS 版本，塞爾達傳說：時之笛3D，擁有重新制作的圖形，對 HUD 精靈的一些更改，使用動作感應控制的方法，觸屏選單，一個通往 3DS 遊戲筆記應用程式的快捷方式，一個包含“希卡之石”的提示系統（使用影片來提供提示並展示玩家應該怎麼做，類似於天空之劍），塞爾達傳說：時之笛3D 大師版（在通關普通遊戲後解鎖；它使用相同的新功能，但這次遊戲地圖和場景都進行了映象——類似於 Wii 和 GameCube 版本的黃昏公主，或者更近期的黃昏公主 HD 與英雄模式），以及一個“BOSS 挑戰”模式，讓玩家可以選擇再次挑戰已經擊敗的 BOSS，或者連續挑戰所有 BOSS。
- Wii U eShop 版本擁有與 Wii 虛擬控制器的佈局相同的控制器佈局；然而，控制器可以根據玩家的偏好進行自定義。