蛋白質組學/蛋白質 - 蛋白質相互作用/因素

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本節

影響蛋白質蛋白質相互作用的因素[1]

蛋白質蛋白質相互作用的分析可以分為兩種

定性
定量

在這兩種情況下，我們都有與相互作用相關的因素。影響定性分析的因素將在之前討論。在本節中，我們將主要關注定量分析。

影響定量蛋白質蛋白質相互作用的因素

關於結合因素，我們的意思是相互作用是單對單還是單對多結合。單對單結合相互作用可以很容易地進行量化，但當一種蛋白質具有多個結合位點時，就會出現問題。對於單對多結合位點，也可能有兩種可能性。如果所有這些多重結合相互之間沒有關聯，或者換句話說，彼此獨立，我們可以將每個結合視為單對單，然後將它們加在一起。但是，如果所有這些相互作用相互依賴，那麼我們就必須處理它的別構效應。

因此，影響結合特性的因素有

親和力

Ka（親和常數）或Kd（解離常數）
Kd=1/Ka

動力學

k(ass) 或 k(on) 締合速率常數或上速率
K(diss) 或 K(off) 解離速率常數或下速率

熱力學性質

水的作用

由於大多數蛋白質蛋白質相互作用發生在水相中，我們也應該考慮水對相互作用的影響。水使環境變得相當疏水，並且由於它們也是疏水分子，因此相當有利於蛋白質相互作用。由於水分子含量豐富，大多數鍵需要被破壞以使蛋白質相互作用變得有利。水也可以作為疏水蛋白質之間間隙的粘合劑。

參考文獻 (開放獲取)

[http://www.biology.ucsd.edu/classes/bggn220.FA06/ProtProtinteractions.pdf 影響蛋白質-蛋白質相互作用的因素