蛋白質組學/蛋白質 - 蛋白質相互作用/資料庫
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有許多包含蛋白質相互作用資料的資料庫可用。資料可以來自實驗結果、計算預測、自動文獻挖掘或文獻的手動整理。一些網站允許您以圖形方式檢視相互作用網路。以下列表包含各種資料庫，所有這些資料庫都可供學術用途免費使用。它們最後訪問於 2006 年 4 月 19 日，但鑑於蛋白質組學/生物資訊學領域快速變化的世界，我們不能保證它們仍然可以執行。
- 酵母 GRID
- GRID（互動資料集通用儲存庫）的一部分
- Mount Sinai 醫院 Samuel Lunenfeld 研究院的 Tyers 小組
- http://www.thebiogrid.org
- 可以使用 Osprey 檢視 (http://biodata.mshri.on.ca/osprey/servlet/Index)
- 生物分子相互作用網路資料庫 (BIND)
- Unleashed Informatics
- http://www.bind.ca/Action
- 包含針對人類蛋白質的整理後的互動資料。要求使用者免費註冊 Unleashed Informatics 帳戶。
- 人類蛋白質相互作用資料庫
- 仁荷大學計算機科學與資訊工程系網路智慧實驗室
- http://wilab.inha.ac.kr/hpid/
- 整合了幾個已知的資料庫並進行了一些新的預測。
- 果蠅相互作用資料庫
- Wayne State 大學醫學院分子醫學與遺傳學中心 Finley 實驗室
- http://proteome.wayne.edu/PIMdb.html
- 使用 IM 瀏覽器（參見頁面上的資訊）查詢資料庫並以互動式圖形獲取結果。
- 果蠅 GRID
- GRID（互動資料集通用儲存庫）的一部分
- Mount Sinai 醫院 Samuel Lunenfeld 研究院的 Tyers 小組
- http://www.thebiogrid.org
- 可以使用 Osprey 檢視 (http://biodata.mshri.on.ca/osprey/servlet/Index)
- 幽門螺旋桿菌蛋白質相互作用組資料庫
- http://dpi.nhri.org.tw/protein/hp/ORF/index.php
- 選擇一個蛋白質並提供一個互動截止值以檢視圖形互動圖。
- 線蟲 GRID
- GRID（互動資料集通用儲存庫）的一部分
- Mount Sinai 醫院 Samuel Lunenfeld 研究院的 Tyers 小組
- http://www.thebiogrid.org
- 可以使用 Osprey 檢視 (http://biodata.mshri.on.ca/osprey/servlet/Index)
- PIMRider
- Hybrigenics
- http://pim.hybrigenics.com/pimriderext/common/
- 可以使用 PIMRider 檢視多個數據庫：果蠅、幽門螺旋桿菌、HIV 和人類 TGF-beta 訊號傳導相關蛋白質。需要免費註冊。
- HIV-1，人類蛋白質相互作用資料庫
- 美國國立過敏和傳染病研究所，NCBI
- http://www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq/HIVInteractions/
- 包含從文獻中獲得的 HIV 和宿主蛋白質之間的相互作用。
- 相互作用蛋白質資料庫
- 加州大學洛杉磯分校
- http://dip.doe-mbi.ucla.edu/
- 來自文獻和其他資料庫的互動資料。
- 分子相互作用資料庫 (MINT)
- “MINTers”：http://mint.bio.uniroma2.it/mint/contacts.do
- http://mint.bio.uniroma2.it/mint/
- 專注於實驗驗證的蛋白質相互作用，尤其是哺乳動物中的相互作用。
- 慕尼黑蛋白質序列資訊中心 (MIPS)
- 一個手動整理的哺乳動物蛋白質-蛋白質相互作用資料庫。
- 還包含有關其他蛋白質-蛋白質相互作用專案的資訊。
- http://mips.gsf.de/proj/ppi/
- 耶拿生物資訊學中心
- 出色的蛋白質-蛋白質相互作用網站，提供一般資訊
- http://www.imb-jena.de/jcb/ppi/