蛋白質組學/蛋白質 - 蛋白質相互作用/耶拿連結

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實驗資料

AllFuse (歐洲生物資訊學研究所)

完整基因組中蛋白質的功能關聯

http://cgg.ebi.ac.uk/services/allfuse/

ASEdb (哈佛大學)

Alanine Scanning Energetics DataBase

3D 蛋白質結構中熱點資料庫

http://thornlab.cgr.harvard.edu/hotspot/index.php

Bacteriome.org (多倫多大學)

細菌蛋白質相互作用資料庫

在大腸桿菌知識庫的背景下整合物理（蛋白質 - 蛋白質）和功能相互作用的資料庫

http://www.bacteriome.org/

BID (德克薩斯農工大學)

Binding Interface Database

http://tsailab.org/BID/index.php

BioGRID (塞繆爾·盧南菲爾德研究所)

The General Repository for Interaction Datasets

遺傳和物理相互作用資料庫

http://www.thebiogrid.org/

BOND (湯姆森公司)

Biomolecular Object Network Databank

新的資源來執行對可用序列、相互作用、複合物和途徑資訊的跨資料庫搜尋

整合了一系列元件資料庫，包括 Genbank 和 BIND，生物分子相互作用網路資料庫

http://bond.unleashedinformatics.com/Action?

(加州大學洛杉磯分校)

Database of Interacting Proteins

http://dip.doe-mbi.ucla.edu/DIP

果蠅蛋白質相互作用圖 (PIM) 資料庫 (韋恩州立大學)

http://proteome.wayne.edu/PIMdb.html

EchoBASE (約克大學)

大腸桿菌的綜合後基因組資料庫

http://www.ecoli-york.org/

基因組知識庫 (理化學研究所，理化學研究所)

整合各種型別的生物學和生物醫學資料庫，以發現與疾病相關的級聯反應和藥物靶點候選者

http://fuminobmt.gsc.riken.jp/big/Research/Genomic%20Knowledge%20Base%20Research%20Team/

HIV-1 - 人類蛋白質相互作用資料庫 (NCBI)

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq/HIVInteractions/index.html

總結了 HIV-1 蛋白與宿主細胞蛋白、其他 HIV-1 蛋白或與 HIV/艾滋病相關的疾病生物體中的蛋白的所有已知相互作用

hp-DPI (國立衛生研究院)

Helicobacter Pylori Database of Protein Interactomes

結合實驗和推斷的相互作用

http://dpi.nhri.org.tw/protein/hp/ORF/index.php

HPID (仁荷大學)

Human Protein Intercation Database

http://wilab.inha.ac.kr/hpid/

HUGE ppi (筑波 DNA 研究研究所)

大型 KIAA 蛋白之間蛋白質 - 蛋白質相互作用的資料庫

http://www.kazusa.or.jp/huge/ppi/

HUGE: Human Unidentified Gene-Encoded large proteins

http://www.kazusa.or.jp/huge/

人類蛋白質參考資料庫 (約翰霍普金斯大學 & 印度生物資訊學研究所)

一個平臺，可以直觀地展示和整合有關人類蛋白質組中每種蛋白質的結構域結構、翻譯後修飾、相互作用網路和疾病關聯的資訊

http://www.hprd.org/

ICBS (加州大學)

Inter-Chain Beta-Sheets database

http://contact14.ics.uci.edu/index.html

KDBI (新加坡國立大學)

Kinetic Data of Bio-molecular Interactions 資料庫

http://xin.cz3.nus.edu.sg/group/kdbi/kdbi.asp

KEGG BRITE (京都大學)

Biomolecular Relations in Information Transmission and Expression

生物實體的功能層次結構和二元關係

http://www.genome.ad.jp/brite/brite.html

MINT (CBM，羅馬)

Molecular INTeractions database

生物分子之間功能相互作用的資料庫：RNA、DNA、蛋白質

http://cbm.bio.uniroma2.it/mint/

DOMINO - DOMain peptide INteractiOns database,

描述蛋白質相互作用結構域介導的相互作用

http://mint.bio.uniroma2.it/domino/search/searchWelcome.do

molmovdb.org (耶魯大學)

具有相關靈活性和幾何分析工具的大分子運動資料庫

http://molmovdb.mbb.yale.edu/

MPact (MIPS)

酵母蛋白質 - 蛋白質相互作用資料包含在

http://mips.gsf.de/genre/proj/mpact/index.html

Comprehensive Yeast Genome Database

http://mips.gsf.de/genre/proj/yeast/index.jspCYGD

MPPI (MIPS)

Mammalian Protein-Protein Interaction database

http://mips.gsf.de/proj/ppi/

PDZBase (康奈爾大學威爾醫學院)

專門針對涉及 PDZ 結構域的相互作用的手動整理的蛋白質 - 蛋白質相互作用資料庫

http://icb.med.cornell.edu/services/pdz/start

PepCyber: P~PEP (明尼蘇達大學)

人類蛋白質 - 蛋白質相互作用資料庫，這些相互作用由磷蛋白結合結構域 (PPBD) 介導

http://pepcyber.umn.edu/PPEP/

POINT (國立衛生研究院 & 國立臺灣大學)

基於可用的直系同源相互作用組資料集預測人類蛋白質 - 蛋白質相互作用組的功能資料庫

整合了幾個公開可用的資料庫，重點放在從相互作用蛋白質資料庫 (DIP) 中提取大量小鼠、果蠅、蠕蟲和酵母蛋白質 - 蛋白質相互作用資料集，然後將它們轉換為預測的人類相互作用組

http://phos.bioinformatics.tw/

PRIME (東京大學人類基因組中心)

PRotein Interactions and Molecular Information databasE

基於自然語言處理的整合基因/蛋白質資訊學資料庫

http://prime.ontology.ims.u-tokyo.ac.jp:8081/

ProtoArray&reg (Invitrogen)

http://www.invitrogen.com/content.cfm?pageid=10400

蛋白質相互作用資料庫 (蛋白質休息室)

該資料庫列出了數千種人類蛋白質 - 蛋白質相互作用

透過對數百條訊號轉導途徑的深入研究建立

http://www.proteinlounge.com/inter_home.asp

蛋白質相互作用圖 - PIM (Hybrigenics)

功能蛋白質組學軟體平臺，專門用於探索蛋白質途徑

PIM 可用於幽門螺桿菌、丙型肝炎病毒、果蠅和 TGF-Beta

http://pim.hybrigenics.com/pimrider/pimriderlobby/PimRiderLobby.jsp

使用小鼠全長 cDNA 的蛋白質 - 蛋白質相互作用面板 (理化學研究所，橫濱研究所)

參見 Suzuki 等，Genome Res。2001, 11, 1758-1765。[PubMed]

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=pubmed&cmd=Retrieve&dopt=AbstractPlus&list_uids=11591653&query_hl=5&itool=pubmed_docsum

http://genome.gsc.riken.go.jp/ppi/

蛋白質 - 蛋白質相互作用檢視器 [+ FANTOM2 檢視器] (理化學研究所橫濱研究所)

http://fantom21.gsc.riken.go.jp/PPI/

PSIbase (生物系統系，KAIST & BiO 中心)

所有蛋白質的結構相互作用圖

http://psibase.kobic.re.kr/

Repair-FunMap (坦普爾大學)

提供與細胞中 DNA 修復過程相關的蛋白質的功能網路的資料庫

能夠生成圍繞感興趣蛋白質的相互作用蛋白質的功能圖

http://guanyin.chem.temple.edu:8080/FunMap/index.html

SNAPPIView (鄧迪大學)

Structures, iNterfaces and Alignments for Protein-Protein Interactions

在結構資料中觀察到的結構域 - 結構域相互作用的面向物件的資料庫

http://www.compbio.dundee.ac.uk/SNAPPI/downloads.jsp

SPIN-PP 伺服器 (哥倫比亞大學)

Surface Properties of INterfaces - Protein Protein interfaces

PDB 中所有蛋白質 - 蛋白質相互作用的資料庫

http://trantor.bioc.columbia.edu/cgi-bin/SPIN/

酵母相互作用蛋白質資料庫 (金澤大學)

使用遺傳網路視覺化系統檢視酵母蛋白質相互作用組資料

http://itolab.cb.k.u-tokyo.ac.jp/Y2H/

http://itolab.cb.k.u-tokyo.ac.jp/webgen/webgen.html

酵母蛋白質連結圖資料 (華盛頓大學)

http://depts.washington.edu/sfields/yp_interactions/index.html

YPD&#8482 (BIOBASE)

Yeast Proteome Database

釀酒酵母蛋白質的綜合知識資源

http://www.biobase-international.com/pages/index.php?id=ypd

預測

ADAN (EMBL)

預測蛋白質 - 蛋白質相互Action of moDular domAiNs

http://adan-embl.ibmc.umh.es

AtPID (東北林業大學)

Arabidopsis Thaliana Protein Interactome Database

瞭解擬南芥中基因功能和生物過程的系統級理解的豐富資訊來源

整合來自多種生物資訊學預測方法的資料以及從文獻中手動收集的資訊

包含與蛋白質 - 蛋白質相互作用、蛋白質亞細胞定位、直系同源圖、結構域屬性和基因調控相關的資料

http://atpid.biosino.org/

大腸桿菌預測蛋白質相互作用資料庫 (奧托諾瑪大學坎託布蘭科)

計算機模擬雙雜交系統，用於預測整個大腸桿菌基因組的相互作用夥伴

http://www.pdg.cnb.uam.es/i2h/

Fly-DPI (國立衛生研究院)

用於預測果蠅蛋白質相互作用網路的統計模型

http://flydpi.nhri.org.tw/protein/fly/general_search/

Genes2Networks (西奈山醫學院)

使用哺乳動物蛋白質相互作用資料庫連線基因符號列表

功能強大的基於網路的軟體，可以幫助解釋基因和蛋白質列表

可用於從種子列表中查詢基因和蛋白質之間的關係，並預測可能在共同通路或蛋白質複合物中發揮關鍵作用的其他基因或蛋白質

http://actin.pharm.mssm.edu/genes2networks/

HAPPI (印第安納大學資訊學院，普渡大學理學院)

Human Annotated and Predicted Protein Interaction database

從公共來源收集或透過計算推斷

http://bio.informatics.iupui.edu/HAPPI/

HPID (仁荷大學)

Human Protein Interaction Database

http://wilab.inha.ac.kr/hpid/

ICBS (加州大學)

Inter-Chain Beta-Sheets

由鏈間β摺疊形成介導的蛋白質-蛋白質相互作用資料庫

http://contact14.ics.uci.edu/index.html

INTERPARE (韓國生物科學與生物技術研究所國家基因組資訊中心和BiO中心)

蛋白質“介面組”資料庫

包含具有已知3D結構的蛋白質的大規模介面資料

http://interpare.net/

NOXclass (馬克斯·普朗克資訊學研究所)

SVM（支援向量機演算法）分類器，用於識別蛋白質-蛋白質相互作用型別

http://noxclass.bioinf.mpi-inf.mpg.de/

OPHID (安大略癌症研究所和多倫多大學)

Online Predicted Human Interaction Database

旨在成為實驗室科學家探索已知和預測的蛋白質-蛋白質相互作用的資源，並促進探索蛋白質相互作用網路的生物資訊學倡議

http://ophid.utoronto.ca/

PIBASE (加州大學)

蛋白質域對之間結構定義的介面的綜合資料庫

http://alto.compbio.ucsf.edu/pibase/

PPIDB (愛荷華州立大學)

從蛋白質資料庫中可獲得的所有蛋白質-蛋白質複合物中提取的蛋白質-蛋白質介面資料庫

http://ppidb.cs.iastate.edu/index.htm

Predictome (波士頓大學)

使用44種微生物基因組的序列資料，推斷蛋白質之間潛在聯絡的資料庫

http://predictome.bu.edu/static/sources.html

PreSPI (資訊與通訊大學)

PREdiction System for Protein Interaction

基於域組合的蛋白質相互作用預測系統

http://prespi.icu.ac.kr/

PRIMOS (BIOMIS，FH哈根貝格)

PRotein Interaction and MOlecule Search) database

用於分析整合的蛋白質-蛋白質相互作用資料的綜合知識門戶

http://biomis.fh-hagenberg.at/isp/Primos/

PRISM (科奇大學)

PRotein Interactions by Structural Matching

探索蛋白質介面並預測蛋白質-蛋白質相互作用

http://gordion.hpc.eng.ku.edu.tr/prism/

PRODISTIN 網站 (LGPD/IBDM，CNRS)

網路服務，用於從任何型別的相互作用網路中對基因/蛋白質進行功能分類

http://crfb.univ-mrs.fr/webdistin/

Prolinks 資料庫 (加州大學)

用於預測蛋白質之間功能聯絡的推理方法集合

方法包括系統發育譜方法，該方法使用蛋白質在多個基因組中的存在和不存在來檢測功能聯絡；基因簇方法，該方法使用基因組鄰近性來預測功能聯絡；羅塞塔石碑，該方法使用第二個生物體中的基因融合事件來推斷功能相關性；以及基因鄰居方法，該方法使用基因鄰近性和系統發育分佈來推斷聯絡

http://www.doe-mbi.ucla.edu/Services/MTBreg/prolinks.html

SNAPPI-Predict (鄧迪大學)

Structures, iNterfaces and Alignments for Protein-Protein Interactions

蛋白質-蛋白質相互作用預測程式

http://www.compbio.dundee.ac.uk/SNAPPI/predict.jsp

SPIDer (北京師範大學)

酵母預測的蛋白質-蛋白質相互作用網路資料庫

透過測量兩個基因本體論 (GO) 術語之間的相對特異性相似度 (RSS)，重建酵母蛋白質相互作用網路的有效方法

http://cmb.bnu.edu.cn/SPIDer/index.html

網路工具

APID (癌症研究中心)

Agile Protein Interaction DataAnalyzer

互動式網路工具

所有已知的實驗驗證的蛋白質-蛋白質相互作用

http://bioinfow.dep.usal.es/apid/index.htm

ADVICE (資訊通訊研究所)

Automated Detection and Validation of Interaction by Co-Evolution

蛋白質-蛋白質相互作用的預測和驗證

http://advice.i2r.a-star.edu.sg/

BioLayout Java (EMBL)

用於相似性和網路視覺化的自動圖形佈局演算法

http://cgg.ebi.ac.uk/services/biolayout/

eFsite (大阪大學)

Electrostatic surface of Functional-SITE

蛋白質功能位點分子表面的資料庫，在活性位點的康諾利表面上顯示靜電勢和疏水特性

http://ef-site.hgc.jp/eF-site/

表示式分析器 (歐洲生物資訊學研究所)

使用表示式資料探索蛋白質相互作用資料

http://ep.ebi.ac.uk/EP/PPI/

FunSimMat (馬克斯·普朗克資訊學研究所)

Functional Similarity Matrix

全面的功能相似性資料庫

http://funsimmat.bioinf.mpi-inf.mpg.de/

IntAct 專案 (歐洲生物資訊學研究所)

用於儲存、展示和分析蛋白質相互作用的資料庫和工具包

http://www.ebi.ac.uk/intact/index.html

InterPreTS (EMBL)

蛋白質INTERaction PREdiction through Tertiary Structure

http://speedy.embl-heidelberg.de/people/patrick/interprets/index.html

InterProSurf (德克薩斯大學醫學分部)

用於預測非蛋白質表面功能位點的網路伺服器

http://curie.utmb.edu/

InterViewer (仁荷大學)

大規模蛋白質相互作用網路的視覺化

http://interviewer.inha.ac.kr/

InterWeaver (資訊通訊研究所)

相互作用報告的網路伺服器

http://interweaver.i2r.a-star.edu.sg/

iPPI (古巴國家生物資訊學中心)

透過同源性搜尋推斷蛋白質-蛋白質相互作用

http://www.bioinfo.cu/iPPI.html

IPPRED (波爾多生物資訊學中心)

蛋白質相互作用推斷伺服器

透過同源性搜尋推斷相互作用

http://cbi.labri.fr/outils/ippred/IS_part_simple.php

iSPOT (羅馬大學)

由肽識別模組家族介導的蛋白質-蛋白質相互作用預測

http://cbm.bio.uniroma2.it/ispot/

Medusa (EMBL)

與 *::http://string.embl.de/STRING 蛋白質相互作用資料庫的介面

通用圖形視覺化工具

http://www.bork.embl-heidelberg.de/medusa/

NetAlign (中國科學技術大學蛋白質晶體學實驗室)

用於比較蛋白質相互作用網路的基於網路的工具

http://www1.ustc.edu.cn/lab/pcrystal/NetAlign/

PathBLAST (懷特黑德研究所)

網路比對和搜尋工具，用於比較不同物種的蛋白質相互作用網路，以識別進化中儲存的蛋白質通路和複合物

http://www.pathblast.org/

PEDANT (德國亥姆霍茲環境研究中心)

Protein Extraction, Description, and Analysis Tool（蛋白質提取、描述和分析工具）

http://pedant.gsf.de/

PDBSiteScan (俄羅斯科學院細胞學與遺傳學研究所)

旨在搜尋結構上類似於已知活性位點、結合位點和翻譯後修飾位點的 3D 蛋白質片段

http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/systems/fastprot/pdbsitescan.html

(西班牙國家生物技術中心)

接觸預測伺服器

http://www.pdg.cnb.uam.es:8081/pdg_contact_pred.htmlPDGcon

PIMWalker^TM (Hybrigenics)

用於顯示蛋白質相互作用網路的互動式工具

http://pim.hybrigenics.com/pimriderext/pimwalker/

PIVOT (特拉維夫大學)

Protein Interactions VisualizatiOn Tool（蛋白質相互作用視覺化工具）

http://www.cs.tau.ac.il/~rshamir/pivot/

Protein3D Home (LECB)

http://protein3d.ncifcrf.gov/tsai/frame/main.html

蛋白質-蛋白質相互作用伺服器 (倫敦大學學院)

3D 結構

http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/PP/server/server_help.html

SCOWLP (德累斯頓工業大學)

Structural Characterization Of Water, Ligands and Proteins（水、配體和蛋白質的結構表徵）

基於網路的關係資料庫，描述了PDB介面在原子、殘基和結構域級別的相互作用

http://www.scowlp.org/

SPIN-PP 伺服器 (哥倫比亞大學)

Surface Properties of INterfaces - Protein Protein interfaces

蛋白質資料庫中所有蛋白質-蛋白質相互作用的資料庫

http://trantor.bioc.columbia.edu/cgi-bin/SPIN/

STRING (EMBL)

Search Tool for the Retrieval of INteracting Genes/proteins（用於檢索相互作用基因/蛋白質的搜尋工具）

大量生物體的已知和預測蛋白質-蛋白質相互作用的資料庫

相互作用包括直接（物理）和間接（功能）關聯

資料來自四個來源：基因組背景、高通量實驗、（保守）共表達和現有知識

http://string.embl.de/

YETI (愛丁堡大學)

Yeast Exploration Tool Integrator（酵母探索工具整合器）

用於視覺化/分析釀酒酵母中可用後基因組資料集的工作臺工具

http://www.yetibio.com/

參考文獻

↑ http://www.imb-jena.de/jcb/ppi

[1] ttp://www.imb-jena.de/jcb/ppi

[1]

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實驗資料

預測

相關域、通路和網路資料庫

網路工具

參考文獻