蛋白質組學/蛋白質樣品製備/色譜樣品製備
對於高效液相色譜（HPLC），重要的是樣品溶液（流動相）必須不含顆粒物質。由於 HPLC 色譜柱的靈敏性和涉及的極端壓力，此類汙染物可能造成極大的損害，因此汙染物去除非常重要。每種特定的液相色譜技術都需要專門的溶液。反相色譜需要極性有機溶劑，而正相色譜可以使用無機溶劑，例如水。最常用的有機溶劑之一是乙腈。這種極性賦予溶劑從反相色譜柱中洗脫蛋白質的能力，並且也很容易與質譜聯用。此外，溶液緩衝液必須含有高質量的 pH 穩定劑，例如乙酸（酸）和乙酸鈉（鹼）。氯化鉀等鹽緩衝液用於在離子交換色譜中產生洗脫條件，並且也必須具有非常高的純度。下面列出了常見的色譜試劑
- 緩衝劑
- 乙酸
- 磷酸
- 三乙胺
- 乙酸鈉
- 醋酸銨
- 磷酸鉀
- 碳酸氫鈉
- 氯化鈉
RIPA 是放射免疫沉澱法，該緩衝液可用於溶解細胞中的蛋白質。分析表明，RIPA 溶解了一些膜結合蛋白和大多數細胞內蛋白。RIPA 不適用於尋找蛋白質-蛋白質相互作用，因為該緩衝液會破壞蛋白質-蛋白質形成的鍵。
親和色譜是一種蛋白質分離技術，其中對特定蛋白質具有親和力的底物用於色譜柱的固相中。一種高度特異的技術是使用重組技術來分離從重組 DNA 表達的蛋白質。如果將一個基因插入克隆載體以用於發酵大量蛋白質，則可以改變該基因以在蛋白質中包含額外的氨基酸。然後可以將此子序列用作固定相底物的結合位點。這方面的兩個例子是組氨酸殘基的新增，它們與某些金屬離子共價結合，以及谷胱甘肽 S-轉移酶[1] 蛋白的新增，它將與谷胱甘肽結合。
http://en.wikipedia.org/wiki/Affinity_chromatography
包含寡組氨酸結構域的細菌表達多肽的單步純化。 基因。1992 年 2 月 1 日；111（1）：99-104。
具有酶活性的谷胱甘肽 S-轉移酶（pGEX）融合蛋白的溶解和純化。 分析生物化學。1993 年 4 月；210（1）：179-87。
Ngoka, Lambert CM；蛋白質組學科學6：30. 第 1-21 頁；線上發表 2008 年
本文的重點是使用廣泛建立的 RIPA 方法從癌細胞中製備蛋白質樣品。RIPA 緩衝液透過將蛋白質從其天然不溶狀態溶解成可分離的樣品來實現這一點。它還將蛋白質與鹽和其他汙染物分離，使其成為可靠的樣品製備工具。只使用一種樣品緩衝液的問題在於緩衝液可能沒有溶解來自樣品細胞的所有蛋白質。除了 RIPA 之外，該實驗還使用尿素來提取 RIPA 遺漏的蛋白質。具有不同起源特徵的腫瘤細胞接受了 RIPA 分析和尿素分析。結果表明，使用不同的方法，每個細胞都產生了一些相同的蛋白質和許多獨特的蛋白質。在 RIPA 分析中，許多細胞內蛋白和小分子量蛋白很容易溶解。其他一些蛋白質會弱地結合到緩衝液中，然後才溶解。尿素分析的結果有些相反，該測試將溶解細胞外基質蛋白和高分子量蛋白。這並不是說兩種蛋白質沒有產生相同的結果，從論文中可以看出，使用不同的分析方法發現的相同蛋白質之間存在很大的重疊。在製作蛋白質樣品或尋找新蛋白質時，實驗者應該使用多種分離技術來獲得儘可能多的蛋白質種群。
新詞
血漿生成啟用劑 - 用於解離血凝塊的分子。
血管生成 - 血管的發生和進展。（dictionary.com）
在蛋白質組學的提取過程中，使用多種提取緩衝液來獲得不同的蛋白質庫是有用的。
摘要
免疫沉澱包含多個步驟，第一步是裂解細胞並獲得蛋白質混合物。然後最好清理細胞中所有非特異性蛋白質。在完成此清理後，您需要新增抗體以沉澱目標。然後，您可以分離您的樣品以進行進一步分析。一些裂解緩衝液是 RIPA 和 NP-40，RIPA 會破壞蛋白質-蛋白質相互作用，而 NP-40 用於識別蛋白質-蛋白質相互作用。該技術的成功取決於蛋白質-抗體形成的親和結合。
免疫沉澱是一種蛋白質提取方法，通常用放射性標記，該技術可以獲得蛋白質樣品的分子量和數量。使用抗體-蛋白質複合物提取樣品。免疫沉澱還可用於確定蛋白質-蛋白質相互作用、蛋白質合成速率以及濃縮少量蛋白質。
新詞
預清理 - 免疫沉澱中降低非特異性蛋白質的步驟。
單克隆抗體 - 克隆的抗體，可產生大量自身種群。（dictionary.com）
免疫沉澱廣泛應用於蛋白質樣品製備，它可產生濃度適宜且準確靶向特定蛋白質的樣品。