結構生物化學/催化策略/共價催化
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共價催化是酶為催化特定反應而採用的四種策略之一。在這個反應中，酶包含一個反應性基團，通常是一個親核殘基，它透過親核攻擊與底物反應。這通常由吡啶進行，吡啶比水具有更好的親核性，水的pKa值為5.5。反應過程中過渡態的電荷損失將導致水解加速。該殘基在整個催化反應過程中與底物共價結合，增加了一個額外的中間體，有助於透過降低活化能來穩定後來的過渡態。然後共價鍵斷裂以再生酶。
參與共價催化的酶的例子包括蛋白水解酶胰凝乳蛋白酶和胰蛋白酶，其中親核試劑是絲氨酸上的羥基。胰凝乳蛋白酶是消化系統的降解蛋白酶。它催化肽鍵的斷裂，這些肽鍵與大的芳香族或非極性殘基相鄰。它在蛋白質的羧基末端側切割肽鍵。胰凝乳蛋白酶有三個主要的催化殘基，稱為催化三聯體。它們是His 57、Asp 102和Ser 195。去質子化後，絲氨酸殘基由於其烷氧基而成為強親核試劑，該烷氧基將攻擊蛋白質中羰基的相對不活潑的碳。該圖顯示了中性和去質子化形式的催化三聯體。由Kiongho提供；www.nsm.buffalo.edu/~kiongho/
共價催化中常用的殘基有Lys、His、Cys、Asp、Glu和Ser，以及其他一些輔酶。
下面顯示了共價催化的一個例子
