結構生物化學/蛋白質/切割酶
體內的一些酶用於切割或斷裂構成蛋白質的多肽中的肽鍵。這些酶主要透過水解目標氨基酸的羧基端起作用。特定酶會根據氨基酸的物理或化學特性（如極性或親水性）來靶向特定氨基酸。這種縮短多肽的能力有助於在埃德曼降解中對蛋白質進行測序。發現經過 60 次埃德曼降解後，效率將下降 2%。透過將多肽切割成更短的鍵，可以使埃德曼降解保持 100% 的效率。
以下是主要在殘基的羧基端切割的酶切。唯一的例外是羧肽酶 A，它會在 C 末端氨基酸的氨基端切割。
| 酶切 | 切割位點 |
|---|---|
| 胰蛋白酶 | 在賴氨酸和精氨酸殘基的羧基端切割肽鍵。唯一的例外是，如果賴氨酸後面跟著脯氨酸，則不會切割，因為脯氨酸會將胺從伯胺轉化為仲胺。胰蛋白酶只會與伯胺發生水解。 |
| 梭狀芽孢桿菌蛋白酶 | 在精氨酸殘基的羧基端切割 |
| 胰凝乳蛋白酶 | 在酪氨酸、色氨酸、苯丙氨酸、亮氨酸和蛋氨酸的羧基端切割 |
| 羧肽酶 A | C 末端氨基酸的氨基端，除了精氨酸、賴氨酸和脯氨酸 |
| 金黃色葡萄球菌蛋白酶 | 在天冬氨酸和穀氨酸殘基的羧基端切割（對於穀氨酸，需要應用某些條件） |
| 凝血酶 | 精氨酸的羧基端 |
在丙氨酸和甘氨酸的羧基端切割
一些化學物質可用於檢測多肽中特定氨基酸的存在。以下是一些示例
| 酶切 | 切割位點 |
|---|---|
| 氰化溴 | 在蛋氨酸殘基的羧基端切割。 |
| 鄰碘醯基苯甲酸 | 在色氨酸殘基的羧基端切割 |
| 羥胺 | 在天冬醯胺-甘氨酸鍵處切割 |
| 2-硝基-5-硫氰酸苯甲酸酯 | 在半胱氨酸殘基的氨基端切割 |
此外，埃德曼降解技術可用於確定多肽的氨基末端。苯異硫氰酸酯與未帶電荷的氨基反應，形成苯硫代氨甲醯基衍生物。在弱酸性條件下，包含 N 末端氨基酸（苯硫代乙內醯（PTH）-氨基酸）的環狀衍生物被釋放，因此可以透過色譜方法確定其身份。透過重複相同的反應併產生另一個 PTH-氨基酸複合物，可以利用該技術確定短多肽的序列，該複合物也可以透過色譜法進行鑑定。