結構生物化學/蛋白質/內部核糖體進入位點
真核翻譯起始透過帽介導機制進行，其中eIF4E將5'加帽mRNA募集到小亞基。人們在病毒中發現另一種機制，該機制透過使用內部核糖體進入位點（IRESs）實現。IRES是DNA的一段，它允許在信使RNA中間進行翻譯起始，繞過5'帽依賴性系統。
它們最初由Nahum Sonenberg和Eckard Wimmer於1988年在脊髓灰質炎病毒RNA和腦心肌炎病毒RNA中發現。它們主要位於RNA病毒的5'UTR中，並允許帽獨立的RNA翻譯。這對病毒很有用，因為它確保即使在宿主細胞翻譯關閉的情況下，病毒mRNA仍然被翻譯。脊髓灰質炎病毒分泌一種病毒蛋白酶，該蛋白酶切割eIF4E複合體並抑制帽依賴性翻譯，同時透過IRESs翻譯其自身的mRNA。
病毒IRES功能的機制因病毒而異。丙型肝炎病毒不需要掃描起始密碼子，因為它的IRES直接以起始密碼子已位於P位點的方式與40S亞基結合。它們也不需要任何真核起始因子。小核糖核酸病毒IRESs不直接與小亞基結合，而是與eIF4G結合，並且需要額外的蛋白質，稱為IRES反式作用因子（ITAF）才能發揮作用。