GENtle/比對
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比對模組顯示 DNA 和氨基酸序列的比對。它可以透過工具/比對或Ctrl-G.
設定對話方塊將在模組啟動時或透過工具欄中的“設定”按鈕呼叫。 要比對的序列、它們的順序以及比對演算法及其引數都可以在這裡選擇。 以下演算法可用
| Clustal-W | 這種（預設）演算法生成高質量的比對，但對於簡單的比對來說速度較慢，並且有時會遇到區域性比對的困難。 |
| Smith-Waterman | 一種內部的、快速但簡單的區域性比對演算法，即將一個或多個短序列與一個長序列進行比對。 長序列必須是第一個。 它非常適合檢查測序資料是否與預期序列一致。 |
| Needlemann-Wunsch | 一種內部的、快速但簡單的全域性比對演算法，即比對長度大致相同的序列（例如，基因的不同等位基因）。 與 Smith-Waterman 一樣，所有比對都是針對第一個序列進行的。 |
注意事項： 在此對話方塊中單擊確定將重新計算比對； 上一個比對以及對其進行的所有手動更改將丟失。
工具欄中可以呼叫多個功能和顯示選項
- 輸入序列
- 開啟序列
- 儲存序列
- 列印序列
- 設定
- 水平模式
- 滑鼠中鍵功能
一些顯示選項可以相互組合
- 粗體（以粗體顯示字元）
- 單色（黑白模式）
- 保守（以點顯示與第一行字元匹配的字元）
- 同一性（切換“同一性”行）
其中一些選項相互排斥
- 普通（在白色背景上顯示彩色文字）
- 反向（在彩色背景上顯示白色文字）
目前計劃了其他一些顯示選項，但尚未實現。
可以透過上下文選單更改序列圖。 這些更改只會更改顯示，不會重新計算比對。
- 可以將行向上或向下移動
- 可以顯示或隱藏每行的特徵。 預設情況下，第一行的特徵將顯示，其他行的特徵將隱藏。
- 可以在此行中或除了此行以外的所有行中插入或刪除間隙。 這四種可能的函式之一還會分配給滑鼠中鍵； 此設定可以在工具欄中更改。
- 雙擊一個字元（不是間隙）將開啟該序列的“源”視窗（如果可用），標記並顯示比對中單擊的位置。 這對於檢查測序很有幫助。
- 可以在多行上標記序列，然後透過外觀上下文選單對其進行格式化。
序列不能在比對模組內編輯。 為此，您需要編輯原始序列，然後重新執行比對。
- ClustalW 共識行的圖例
- * = 比對中所有序列中相同或保守的殘基
- : = 表示保守的替換
- . = 表示半保守的替換