跳轉到內容

GENtle/序列圖

來自華夏公益教科書
GENtle 手冊

關於 - 常見問題解答 - 安裝 - DNA - 蛋白質 - PCR 和引物設計 - 測序 - 比對 - 計算器 - 虛擬凝膠 - 影像檢視器 - 工具和對話方塊 - 網頁介面 - 圖表和曲線圖 - DNA 圖 - 序列圖 - 點圖 - 限制性酶識別

序列圖。

序列圖被大多數 GENtle 模組使用。它顯示 DNA 或氨基酸的序列,以及引物、特徵、限制性酶位點等等。然而,基本行為總是相似的。

雙擊通常會開啟序列的編輯器

上下文選單

[編輯 | 編輯原始碼]

上下文選單中可用的功能會根據使用序列圖的模組、其狀態和選擇而有所不同。

編輯序列 開啟編輯模式
轉換序列 反轉和/或互補序列(僅限DNA 模組)
限制酶 限制酶,以使序列中只有低於特定切割數的酶被顯示(僅限DNA 模組)
PCR 比較 DNA 圖
選擇 比較 DNA 圖
複製為影像 將序列圖作為點陣圖複製到剪貼簿(注意:這樣的點陣圖可能會佔用大量記憶體,具體取決於序列的長度)
另存為影像 以多種影像格式儲存序列圖
列印序列 列印序列

整個序列可以透過Ctrl-A來標記。可以透過Ctrl-F呼叫查詢 對話方塊。這兩個功能也可以透過選單呼叫。

在 DNA 和 PCR 模組中,氨基酸閱讀框可以透過以下按鍵切換

  • Ctrl-1= 閱讀框 1
  • Ctrl-2= 閱讀框 2
  • Ctrl-3= 閱讀框 3
  • Ctrl-4= 閱讀框 1,互補鏈
  • Ctrl-5= 閱讀框 2,互補鏈
  • Ctrl-6= 閱讀框 3,互補鏈
  • Ctrl-7= 所有閱讀框,單字母程式碼
  • Ctrl-8= 僅已知閱讀框(來自特徵)
  • Ctrl-0= 隱藏氨基酸
  • Ctrl-W= 三字母程式碼(不適用於顯示所有閱讀框的情況)
  • Ctrl-Q= 單字母程式碼

編輯模式

[編輯 | 編輯原始碼]

可以透過F2或工具欄來切換顯示模式和編輯模式。在編輯期間,序列顯示會被最大化,DNA 圖會被隱藏,以提高編輯的便利性。根據當前模組,只有某些按鍵預設允許(在 DNA 模組中,預設情況下允許“A”、“C”、“G”和“T”);任何其他按鍵都會觸發請求,允許在該會話中對該序列的所有按鍵進行操作。游標的移動類似於文字編輯器中的移動。可以切換插入模式和覆蓋模式,但某些模組除外,例如 PCR 或測序,這些模組強制使用覆蓋模式。在這些模組中,退格鍵和刪除鍵也被停用。

在 PCR 模式下編輯引物時,“.”鍵會分別從 3'→5' 或 5'→3' 序列複製當前位置的鹼基。

水平模式

[編輯 | 編輯原始碼]

在某些模組中,可以將序列顯示切換為水平模式。這可以增強可視性。但是,列印始終以標準(“垂直”)模式進行。

華夏公益教科書