GENtle/序列編輯器

序列編輯器，屬性選項卡。

序列編輯器是序列屬性的關鍵所在。它包含多個選項卡，具體取決於序列的型別，可以是 DNA 或氨基酸。

屬性

在這裡，可以更改序列的標題和描述。對於特徵描述，序列描述將使 http 引用可點選。

對於 DNA 序列，可以輸入粘性末端。

特徵

序列編輯器，特徵選項卡。

編輯特徵對話方塊。

此選項卡顯示序列的所有特徵列表。可以新增、編輯和刪除特徵。大多數設定應不言自明。

• 設定“閱讀框”僅在型別設定為“CDS”（“編碼序列”）時可用。
• “引導”序列以 5'→3' 方向讀取；引導未選中，則為 3'→5'。
• “編輯特徵”將呼叫一個額外的“編輯特徵”對話方塊。

編輯特徵

• “填充顏色”是特徵的顏色；它將呼叫顏色選擇對話方塊。
• “在序列顯示中使用的型別”確定該特徵在序列圖中的繪製方式。
• “使用偏移量”設定特徵第一個氨基酸的編號；如果特徵標記蛋白質的一部分，則此功能很有用。

下面的列表框包含來自 GenBank 格式匯入的原始資料。

限制性內切酶

序列編輯器，酶設定選項卡。

序列編輯器，酶設定 (2)。

編輯 DNA 序列時，將提供兩個帶有限制性內切酶設定的選項卡。第一個選項卡與酶管理對話方塊相同。第二個選項卡與全域性酶設定選項卡相同，但包含此序列的設定。預設情況下，其選項處於停用狀態，並且使用全域性選項。透過啟用此處的選項，將覆蓋全域性設定。

蛋白酶

序列編輯器，蛋白酶選項卡。

此選項卡包含可用的蛋白酶列表。已選中（已選中）蛋白酶的潛在切割位點將在序列中顯示（不會在DNA 圖中顯示）。

可以新增新的蛋白酶，方法類似於以下示例

• 示例： “嗜熱菌蛋白酶”
  • 此蛋白酶的序列： “!DE|AFILMV”
  • 說明：“不是 D 或 E”，“切割”，“然後是 A、F、I、L、M 或 V”
• 示例：脯氨醯內肽酶
  • 此蛋白酶的序列： “HKR,P|!P”
  • 說明： “H、K 或 R”，“然後是 P”，“切割”，“然後不是 P”