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GENtle/DNA 地圖

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GENtle 手冊

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DNA 地圖。

DNA 地圖用於顯示 DNA 序列(儘管在 蛋白質 模組中也使用了一種變體用於示意圖顯示)。它將線性或環狀(例如,質粒)DNA 序列顯示為地圖。

顯示:

  • 特徵(包括可選的 測序引物
  • 限制酶位點
  • 粘性末端(如果有)
  • 開放閱讀框(可選)
  • 序列名稱和長度(可選,請參見 選項
  • 甲基化(可選,請參見 選項
  • GC 含量(可選,請參見 選項

滑鼠操作

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滑鼠按鈕 功能
背景 左鍵 標記序列
左鍵(雙擊) 開啟 序列編輯器
中鍵 在序列中顯示標記的 DNA;如果沒有任何標記,則顯示序列中的當前位置
特徵 左鍵 移動特徵顯示
左鍵(雙擊) 編輯特徵(請參見 序列編輯器
中鍵 標記與特徵匹配的 DNA
中鍵(shift按下) 擴充套件當前標記區域以包括特徵的 DNA
限制酶位點 左鍵 移動位點顯示
左鍵(雙擊) 編輯酶列表(請參見 序列編輯器
中鍵 開啟 限制酶助手
開放閱讀框 左鍵 標記 ORF 序列
左鍵(雙擊) 標記並顯示 ORF 序列
全部 右鍵 上下文選單

上下文選單

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上下文選單在 DNA 地圖內的某個位置右鍵單擊時開啟。選單的內容取決於你在地圖中單擊的哪個物件。此外,根據物件的屬性,某些功能可能不可用,例如,沒有閱讀框的特徵的氨基酸。

編輯序列 開啟 序列編輯器
轉換序列 使序列反轉和/或互補
限制酶 將酶限制為最多切割 n 次的酶
PCR/PCR 啟動 PCR 模組
PCR/正向 啟動 PCR 模組 並生成一個 5'->3'- 引物
PCR/反向 啟動 PCR 模組 並生成一個 5'->3'- 引物
PCR/兩者 啟動 PCR 模組 並生成兩個引物
PCR/突變 啟動 PCR 模組 並生成重疊的誘變引物
選擇/剪下 刪除序列的選定部分並將其放入剪貼簿
選擇/複製 將序列的選定部分複製到剪貼簿
選擇/複製到新序列 基於選擇生成一個新的 DNA 序列條目
選擇/顯示在此切割的酶 開啟 沉默突變 對話方塊的變體,用於序列的選定部分
選擇/選擇作為新特徵 為序列的選定部分生成一個新的特徵
選擇/提取氨基酸 提取 DNA 序列選定部分的氨基酸序列
選擇/BLAST 氨基酸 對 DNA 序列選定部分的氨基酸序列執行 BLAST 搜尋
選擇/BLAST DNA 對 DNA 序列選定部分執行 BLAST 搜尋
序列圖/另存為影像 將 DNA 地圖儲存為影像檔案
序列圖/將影像複製到剪貼簿 將 DNA 地圖作為點陣圖或 WMF(請參見 選項)複製到剪貼簿
序列圖/列印地圖 列印 DNA 地圖
顯示/隱藏 ORF 切換開放閱讀框顯示
編輯 ORF 調整開放閱讀框顯示

限制酶位點

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編輯限制酶 透過 序列編輯器 新增/刪除/管理限制酶
顯示/隱藏酶 切換酶的可見性(這將影響此序列中該酶的所有限制酶位點)
刪除酶 從當前選擇中刪除酶(這將影響此序列中該酶的所有限制酶位點)。
不會對自動新增的酶起作用(請參見 選項
標記限制酶位點 標記該酶在該限制酶位點的識別序列
標記並顯示限制酶位點 標記該酶在該限制酶位點的識別序列並在序列中顯示它
線上酶資訊 開啟該酶的 ReBase 頁面
新增到混合物 這將酶新增到限制酶混合物中(請參見 限制酶助手
新增到混合物 這將酶新增到限制酶混合物中(請參見 限制酶助手)並啟動限制
編輯特徵 編輯特徵屬性(請參見 GENtle/序列編輯器
隱藏特徵 從顯示中隱藏特徵
刪除特徵 刪除特徵
DNA 序列/標記特徵序列 標記與特徵匹配的 DNA 序列
DNA 序列/標記並顯示特徵序列 標記與特徵匹配的 DNA 序列並在序列中顯示它
DNA 序列/複製(編碼)DNA 序列 將與特徵匹配的 DNA 序列複製到剪貼簿
DNA 序列/此特徵作為新序列 基於特徵生成一個新的 DNA 序列
DNA 序列/BLAST DNA 對特徵的 DNA 執行 BLAST 搜尋
氨基酸序列/複製氨基酸序列 將特徵的氨基酸序列複製到剪貼簿
氨基酸序列/作為新條目 基於特徵的氨基酸序列生成一個新的蛋白質條目
氨基酸序列/Blast 氨基酸 對特徵的氨基酸序列執行 BLAST 搜尋

開放閱讀框

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作為新特徵 從 ORF 生成一個新的特徵,具有適當的閱讀框和方向
DNA 序列/複製 DNA 序列 將 ORF 的 DNA 序列複製到剪貼簿
DNA 序列/作為新 DNA 基於 ORF 的 DNA 序列生成一個新的 DNA 序列條目
DNA 序列/BLAST DNA 對 ORF 的 DNA 序列執行 BLAST 搜尋
氨基酸序列/複製氨基酸序列 將 ORF 的氨基酸序列複製到剪貼簿
氨基酸序列/作為新 AA 基於 ORF 的氨基酸序列生成一個新的蛋白質條目
氨基酸序列/BLAST 氨基酸 對 ORF 的氨基酸序列執行 BLAST 搜尋
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