GENtle/PCR 和引物設計
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此模組允許設計引物和執行虛擬 PCR。 它可以從 DNA 模組透過 DNA 或 [../Sequence map#Context menu|sequence]] 圖的上下文選單啟動，或者透過 工具/PCR 啟動。 如果在 DNA 模組中選擇了序列，則在 PCR 模組啟動時會自動生成一個或多個引物。 這些僅僅是粗略的建議，預設情況下不會進行任何最佳化。
- 輸入新的引物
- 開啟引物/序列
- 列印 PCR
- 新增引物（您需要先開啟或輸入引物）
- 匯出引物（生成其序列）
- 編輯模式
- 顯示/隱藏特徵
- 聚合酶執行長度
- 水平模式
聚合酶執行長度是指聚合酶在 PCR 延伸步驟中允許執行的核苷酸數量。 這通常以分鐘為單位測量，但每種聚合酶的執行速度都不同，這就是這裡提供核苷酸資訊的原因。 該值最初是自動計算的，但可以手動更改。
引物列表（左上角）顯示了此 PCR 中使用的所有引物，以及這些引物的某些關鍵屬性。 選擇其中一個引物將在右側的框中顯示更詳細的資訊（有關詳細資訊，請參見 此處）。 雙擊其中一個引物將在序列中標記並顯示該引物。 可以透過 刪除 按鈕或 編輯 透過 編輯 按鈕刪除選定的引物。 也可以透過工具欄中的匯出按鈕匯出選定的引物； 將為該引物生成新的序列。
- 注意：生成的序列不會自動儲存在任何地方，需要手動儲存！
- 注意：要新增引物，請使用工具欄中的新增按鈕，或使用 選擇作為新引物 上下文選單。 僅僅編輯序列（見下文）僅用於編輯現有引物，不會建立新的引物！
該序列由以下幾行組成
- 模板 DNA 的特徵（可以在工具欄中關閉）
- 5' 引物
- 模板 DNA（5'→3'）
- 模板的氨基酸序列
- 模板 DNA（3'→5'）
- 3' 引物
- 所得 DNA 的限制性位點
- 所得 DNA（以綠色顯示）
- 所得 DNA 的氨基酸序列
PCR 序列顯示的一些特殊功能和屬性
- 可以按照 此處 所述設定氨基酸讀碼框。 這將影響顯示的兩個氨基酸序列（模板和結果）。
- 只有兩個引物序列可以編輯； 必須使用覆蓋模式，並且停用刪除。
- 要刪除核苷酸，請使用以下方式覆蓋它空格.
- “.” 鍵會將匹配的模板核苷酸複製到引物序列中的該位置。
- 匹配的引物核苷酸（即與模板匹配的）以藍色顯示，錯配以紅色顯示。
- 如果（不在編輯模式下）選擇了引物序列的空跨度，則可以透過上下文選單（選擇作為新引物）將其變成新的引物。
- 可以透過上下文選單在選擇（在編輯模式下，游標的右側或左側）的左側或右側插入限制性位點的序列。 將出現用於所需酶的選擇對話方塊。
- 可以透過上下文選單引入 沉默突變。
最後，可以透過上下文選單將所得 DNA 或氨基酸序列（綠色序列，將是 PCR 生成的序列）複製到剪貼簿或生成新的序列（包含所有特徵、限制性酶等）。