GENtle/資料庫
GENtle資料庫管理對話方塊是用於儲存和檢索序列的地方。DNA和氨基酸序列、引物、比對和專案都儲存在資料庫中，這些資料庫可以是本地的（僅適用於一臺計算機）或共享的（由整個工作組、研究所等使用）。
可以透過檔案選單、工具/管理資料庫選單、Ctrl-O和Ctrl-S鍵（分別為“開啟”和“儲存”），或工具欄中的相應按鈕來訪問“管理”選項卡。選項卡由兩到三個部分組成
過濾部分允許對資料庫條目進行過濾，以便下面的列表僅顯示匹配的條目。
過濾文字框將顯示的序列限制為那些名稱（或描述或序列，取決於複選框）包含該文字的序列。多個搜尋詞用空格（“ ”）分隔，並作為邏輯AND起作用。因此，在過濾文字框中輸入“pgex igf”將僅顯示那些名稱（或描述）同時包含“pgex”和“igf”的序列。搜尋不區分大小寫，因此搜尋“igf”或“IGF”將沒有任何區別。
右側的複選框將顯示限制為DNA、蛋白質（氨基酸序列）和引物的任何組合。如果未選中任何這些選項，則將顯示所有型別的條目，包括比對。如前所述，文字搜尋可以透過另外兩個複選框擴充套件到序列名稱之外，包括描述和序列本身，其中預設情況下啟用描述搜尋。
根據左列表上方相應複選框的狀態，將顯示一個或兩個列表。要搜尋/顯示的資料庫可以透過下拉框選擇。一個全寬列表適合單個數據庫的概述，而兩個列表則需要在資料庫之間移動和複製條目；此外，將在兩個資料庫上同時執行搜尋。
條目將按字母順序排序。每個條目都與一個小型圖示相關聯，該圖示代表其型別。有用於DNA、氨基酸序列、引物和比對的圖示。還有一個專案圖示，但只有在開啟/儲存專案時才會顯示這些圖示。
可以透過單擊滑鼠左鍵選擇單個條目。在開啟檔案時，雙擊或按RETURN選中條目將開啟它。可以透過用滑鼠拖動矩形，或按住SHIFT和/或CTRL鍵選擇多個條目。可以透過以下方式開啟多選：RETURN.
用滑鼠左鍵抓取選定的條目，然後將它們拖動到另一個列表中，將移動這些條目到該資料庫。要複製這些條目，請在將滑鼠左鍵釋放到目標列表上時按住CTRL鍵。
可以透過選定條目的上下文選單開啟、重新命名和刪除選定條目。
如果您將條目儲存到資料庫，則列表下方將有一行附加行。它包括一個下拉框，用於選擇要將條目儲存到的資料庫，以及一個用於輸入名稱的文字框。如果最初從資料庫開啟該條目，則資料庫名稱將被記住，否則標準資料庫將是預設值。
將條目儲存到已存在同名條目的資料庫會導致以下情況
- 如果資料庫中條目的序列與您嘗試儲存的條目的序列完全相同，則一個訊息框將詢問您是否真的要覆蓋該條目。
- 如果資料庫中條目的序列與您嘗試儲存的條目的序列不同，則一個訊息框將告訴您已阻止此操作。這將避免意外覆蓋具有不同序列的條目。如果您非常確定要替換該條目，則必須透過上面介紹的上下文選單手動刪除資料庫中的該條目。
目前，GENtle支援sqlite和MySQL資料庫，兩者都是免費提供的。雖然兩者都無縫整合到GENtle中，但它們各有優缺點。一旦設定好，所有功能都可以在所有資料庫上使用，無論資料庫型別是什麼。
“資料庫”選項卡列出了所有可以訪問的資料庫。可以建立新的資料庫，並將現有的資料庫新增到列表中或從列表中刪除。唯一的例外是本地資料庫，它是GENtle執行所必需的，因此不能刪除。刪除資料庫不會刪除資料庫本身，只會刪除列表中的條目。
列表中的一個數據庫是預設資料庫。可以透過選擇列表中的預設資料庫條目，然後單擊設定為預設按鈕來設定預設資料庫。預設資料庫可以儲存共享的酶組。
Sqlite已整合到GENtle中，因此不需要任何單獨的安裝或設定。sqlite資料庫由一個以“.db”結尾的單個檔案組成。對於每個GENtle安裝，都會自動建立一個數據庫（“local.db”）。可以在對話方塊中的“資料庫”選項卡上建立新的sqlite資料庫，或將現有的sqlite資料庫新增到GENtle中。要隨身攜帶這樣的資料庫（例如，在家裡或筆記型電腦上使用），只需複製“.db”檔案即可。雖然sqlite資料庫易於設定和維護，但它們透過網路共享的速度往往很慢，具體取決於資料庫的大小。
MySQL是一個專業的客戶端/伺服器資料庫系統，可以可靠地儲存和服務數百萬個條目。它非常適合共享資料庫，因為即使是大量儲存的序列也不會顯著降低其速度，即使透過網路也是如此。但是，使用GENtle使用MySQL資料庫需要一些步驟
- 網路上的“伺服器”計算機，即大部分時間都在執行的計算機，並且最好不要用於直接工作。如果伺服器沒有執行，或者與網路斷開連線，任何人都無法訪問MySQL資料庫及其儲存的序列！
- MySQL伺服器軟體（4.1可以正常工作，其他版本也可能可以使用），可以免費獲得這裡。
- 配置MySQL伺服器的人員（沒有聽起來那麼複雜）
完成MySQL設定後，可以（由一個人）建立MySQL資料庫，並將它們新增到應該有訪問許可權的所有GENtle客戶端中。