GENtle/蛋白水解助手

蛋白水解助手。

蛋白水解助手 可以從 蛋白質 模組呼叫。它可以幫助選擇用於有限蛋白水解、蛋白質結構域分離等的蛋白酶。有幾個列表框彼此依賴，因此一開始可能看起來很混亂。

1. 首先，蛋白質被虛擬地切割，方法是在蛋白酶列表中檢查的蛋白酶。所有這些蛋白酶在蛋白質中的切割結果顯示在切割列表中。這些切割產生的片段顯示在生成的片段列表中，以及在凝膠模擬.
2. 如果您知道某些切割沒有發生（例如，因為識別基序受到保護），您可以在切割列表中取消選擇（取消選中）這些切割。
3. 如果您知道蛋白質的某些註釋特徵受到蛋白酶的保護，您可以在保護特徵列表中取消選擇（取消選中）這些切割。
4. 如果您想透過蛋白酶分離蛋白質的註釋特徵（例如，結構域），您可以在分離片段列表中選擇兩個或多個特徵。根據您的選擇和最大蛋白酶數量的狀態，混合建議列表將填充可以完成任務的蛋白酶（或它們的組合）。選擇其中一種“混合物”，將在列表下方顯示更詳細的描述，並且相應的蛋白酶將在蛋白酶列表中取消選擇（取消選中）這些切割。

所有這些設定的最終結果是生成的片段列表。您可以按片段排序切割位置、片段長度或大小（重量）。您可以檢查單個片段，全部或無它們。在確定之後，可以對所選片段執行多個操作。

• 建立選定片段將為每個選定片段建立一個新的蛋白質模組。
• 註釋選定片段將在當前蛋白質模組中為每個選定片段新增一個特徵。
• 保留蛋白酶將把在蛋白酶列表中選擇的蛋白酶新增到當前蛋白質模組中。