荷蘭帝國/印尼獨立
1945年8月日本投降後兩天，蘇加諾和民族主義領導人穆罕默德·哈塔宣佈印尼獨立。荷蘭本身才剛剛從德國佔領中解放出來，最初缺乏應對的手段，這使得共和國軍隊能夠在廣闊的群島的部分地區（特別是爪哇和蘇門答臘）建立事實上的控制。另一方面，在人口密度較低的外島，雙方都沒有建立有效的控制，這有時會導致混亂的局面。
最初，英國派兵接替日本，並很快發現自己與新生的政府發生了衝突。英國軍隊帶進來一支小規模的荷蘭軍隊，稱為荷蘭印度民政局 (NICA)。當一名 NICA 成員在該國第二大城市泗水的一家酒店升起荷蘭國旗時，印尼民族主義者衝過守衛酒店的日本代理人，撕掉了國旗上的藍色條紋，形成了紅白相間的印尼國旗。
1945年11月10日，英國軍隊襲擊泗水，導致了血腥的街頭巷戰。泗水戰役是這場戰爭中最血腥的單次交戰，它成功地展示了雜牌民族主義軍隊的決心。這也讓英國不願捲入一場它不需要的戰爭，考慮到日本投降後東南亞的資源過於緊張。
因此，荷蘭被要求奪回控制權，NICA 部隊的數量很快急劇增加。最初，荷蘭與共和國談判，並在林加爾加蒂達成協議，宣佈成立“印度尼西亞聯合共和國”，這是一個半自治的聯邦國家，由荷蘭女王擔任其首腦。雙方越來越多地互相指責違反協議，因此鷹派勢力很快就在雙方獲勝。荷蘭方面的一個主要問題是印尼荷蘭少數民族的命運，他們中的大多數人在日本統治期間被關押在惡劣的集中營裡。印尼人被指控（並且有罪）沒有合作解放這些囚犯。
荷蘭政府隨後組建了一支大型軍隊，以奪回它認為理所應當屬於自己的領土。隨後的兩次主要軍事行動被宣佈為“警察行動”，以淡化行動的規模。在這場衝突中，雙方都以各種形式犯下了暴行和侵犯人權的行為。估計有 6,000 名荷蘭人和 150,000 名印尼人（包括平民）喪生。
儘管荷蘭及其土著盟友設法在幾乎所有重大交戰中擊敗了共和國軍隊，並在第二次戰役中甚至逮捕了蘇加諾本人，但印尼軍隊在蘇迪爾曼將軍的領導下繼續進行大規模的游擊戰，蘇迪爾曼將軍逃脫了荷蘭的進攻。在第二次荷蘭進攻的前幾個月，獨立運動內部的共產主義分子發動了一次失敗的政變，即馬迪安事件，目的是奪取共和國軍隊的控制權。
由於美國政府威脅要撤回對荷蘭二戰後重建至關重要的馬歇爾計劃資金，荷蘭政府被迫重新進行談判，並在海牙舉行圓桌會議後，荷蘭最終於 1949 年 12 月 27 日承認印尼獨立。當時，除了蘇門答臘的大部分地區和爪哇的部分地區外，整個印尼都處於荷蘭的控制之下。新幾內亞是東印度群島中唯一沒有放棄的部分。1959 年，在荷蘭新幾內亞舉行了選舉，一個由選舉產生的新幾內亞委員會於 1961 年 4 月 5 日正式就任，為該地區在本世紀末實現完全獨立做準備。1961 年 12 月 1 日，荷蘭認可了該委員會對新國歌和晨星作為新國旗的選擇。
1961 年 12 月 18 日，印尼試圖入侵該地區。在印尼和荷蘭軍隊發生了一些衝突後，雙方達成協議，並將該地區置於聯合國管理之下，時間為 1962 年 10 月。隨後，該地區於 1963 年 5 月轉交印尼。該地區於 1969 年被印尼正式吞併。
