抗體的首次應用是透過流式細胞儀技術識別和定位細胞內和細胞外蛋白質。
在免疫沉澱中，抗體用於從細胞裂解物中分離其特異性蛋白質靶標及其結合的任何物質。
在蛋白質印跡中，抗體用於識別透過電泳分離的蛋白質。這種技術對於許多蛋白質的混合物很有用。
在免疫組織化學或免疫熒光中，抗體用於檢查組織切片中的蛋白質表達或在顯微鏡的輔助下定位細胞內的蛋白質。
蛋白質也可以用抗體檢測和量化，使用ELISA和ELISPOT技術。
