分子模擬

這是一本關於物質計算機模擬的書籍。特別地，它關注凝聚態物質（例如液體）。本書建立在統計熱力學的框架之上。它旨在作為分子模擬高階本科/研究生物理化學課程的教科書。

目錄

1. 分子間力
   1. 電荷-電荷相互作用
   2. 電荷-偶極相互作用
   3. 偶極-偶極相互作用
   4. 四極-四極相互作用
   5. 感應極化
   6. 排斥相互作用
   7. 氫鍵
   8. 旋轉平均
   9. 萊納德-瓊斯勢
   10. 分子內力
   11. 分子力場
   12. 使用量子化學計算分子間力
2. 經典統計熱力學
   1. 統計特性
   2. 熱力學系綜
   3. 相空間
   4. 稀薄氣體
   5. 平均力勢
   6. 朗之萬動力學
3. 模擬方法
   1. 週期性邊界條件
   2. 長程力的處理
   3. 蒙特卡羅方法
   4. 分子動力學
   5. 正則系綜和等溫等壓系綜的分子動力學
   6. 傘形抽樣
   7. 自由能方法
   8. 副本交換分子動力學
   9. 粗粒模型
   10. 可極化力場
4. 液體性質
   1. 徑向分佈函式
   2. 介電常數
   3. 擴散係數
   4. 介面性質
   5. 輸運性質
5. 固體性質
   1. 固體
6. 透過分子模擬理解化學
   1. 疏水溶劑化
   2. 膜滲透性
   3. 蛋白質摺疊
7. 附錄
   1. 變數定義
   2. 使用 NAMD 進行分子動力學模擬
8. 示例問題
   1. 示例問題 1：庫侖相互作用
   2. 示例問題 2：電荷-偶極相互作用
   3. 示例問題 3：偶極-偶極相互作用
   4. 示例問題 4：四極-四極相互作用
   5. 示例問題 5：萊納德-瓊斯勢
   6. 示例問題 6：方向平均相互作用